- Bước 1: Cơ quan chủ quản chỉ định một đơn vị trực thuộc làm cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định.

- Bước 2: Chủ dự án nộp hồ sơ theo quy định để cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định tổ chức thẩm định. Sau khi nhận được hồ sơ hợp lệ, cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định thông qua cơ quan chủ quản gửi hồ sơ thẩm định kèm theo công văn đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính và các cơ quan có liên quan góp ý kiến về nội dung văn kiện chương trình, dự án.

- Bước 3: Sau khi nhận được công văn đề nghị kèm theo bộ hồ sơ thẩm định của cơ quan chủ quản, các cơ quan được đề nghị góp ý kiến gửi ý kiến góp ý thẩm định văn kiện chương trình, dự án bằng văn bản về cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định thông qua cơ quan chủ quản. Đơn vị đầu mối thẩm định tổng hợp ý kiến của các cơ quan liên quan, lập báo cáo thẩm định, trong đó nêu rõ ý kiến đồng thuận và ý kiến khác nhau giữa các bên.

- Bước 4: Trên cơ sở kết luận của Báo cáo thẩm định, cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định thực hiện công việc sau:

+ Trường hợp văn kiện chương trình, dự án đủ điều kiện phê duyệt: Cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định dự thảo tờ trình kèm theo báo cáo thẩm định và dự thảo quyết định phê duyệt văn kiện chương trình, dự án để cơ quan chủ quản trình Thủ tướng Chính phủ xem xét và quyết định.

+ Trường hợp văn kiện chương trình, dự án không đủ điều kiện phê duyệt: cơ quan, đơn vị đầu mối thẩm định báo cáo cơ quan chủ quản để phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư trình Thủ tướng Chính phủ xem xét và quyết định việc đưa chương trình, dự án này ra khỏi Danh mục tài trợ.

- Trực tiếp tại trụ sở cơ quan hành chính nhà nước.

- Thông qua hệ thống bưu chính.

a) Thành phần hồ sơ:

- Tờ trình đề nghị thẩm định văn kiện chương trình, dự án của cơ quan chủ quản.

- Quyết định phê duyệt Danh mục tài trợ của cấp có thẩm quyền.

- Văn kiện chương trình, dự án.

- Trường hợp chương trình, dự án thuộc đối tượng vay lại, chủ dự án gửi kèm theo các tài liệu chứng minh năng lực tài chính, phương án trả nợ và các tài liệu khác theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

- Ý kiến bằng văn bản của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, các cơ quan có liên quan, nhà tài trợ (nếu có) trong quá trình lập văn kiện chương trình, dự án.

Các tài liệu bằng tiếng nước ngoài phải có bản dịch tiếng Việt kèm theo.

b) Số lượng hồ sơ: 08 bộ trong đó có ít nhất 01 bộ gốc.

- Đối với chương trình, dự án quan trọng quốc gia: không quá 90 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

- Đối với dự án đầu tư Nhóm A: không quá 40 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

- Đối với dự án đầu tư Nhóm B: không quá 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

- Đối với dự án đầu tư Nhóm C và các chương trình, dự án khác: không quá 20 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Tổ chức.

Được quy định tại Điều 24 Nghị định 38/2013/NĐ-CP, cụ thể là Thủ tướng Chính phủ phê duyệt văn kiện chương trình, dự án đối với các trường hợp sau:

- Văn kiện chương trình, dự án quan trọng quốc gia.

- Văn kiện chương trình kèm theo khung chính sách; chương trình, dự án trong lĩnh vực an ninh, quốc phòng, tôn giáo.

- Nghị định số 38/2013/NĐ-CP ngày 23/4/2013 của Chính phủ về quản lý và sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ;
- Thông tư 01/2014/TT-BKHĐT của Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 38/2013/NĐ-CP ngày 23/4/2013 của Chính phủ.